উচ্চতর ইসলামী ফিক্বহ ও আইন বিভাগ
ইফতা বিভাগ হচ্ছে অত্র প্রতিষ্ঠানের সর্বোচ্চ গুরুত্বপুর্ণ একটি বিভাগ। দু’বছর মেয়াদী বিশেষ কোর্স । উক্ত বিভাগে বিভিন্ন প্রতিষ্ঠান থেকে দাওরায়ে হাদীস (মাস্টার্স ) এ মুমতাজ (অ+)  জায়্যিদ জিদ্দান (অ) উত্তীর্ণদের লিখিত ও মৌখিক পরিক্ষার পর কোটা ভিত্তিক ভর্তি করা হয় । ভর্তি প্রাপ্তদেরকে আরব, ভারত, পাকিস্তান ও বাংলাদেশের সেরা প্রতিষ্ঠান গুলো থেকে উচ্চতর ডিগ্রীধারী সুপ্রসিদ্ধ, বিজ্ঞ ও পারদর্শী মুফতীগণ ফিক্বহ ও ফতোয়া হাতে কলমে প্রশিক্ষণ দিয়ে থাকেন। ফলে শিক্ষার্থীগণ দ্বীনি বিষয়ের যাবতীয় সমস্যা সমাধানের পাশাপাশি আধুনিক সমস্যাবলিরও যুগোপযোগি সমাধান কুরআন-সন্নাহর আলোকে প্রদান করতে সক্ষম হন। উপরন্তু আধুনিক অর্থ ব্যবস্থার পাশাপাশি ইসলামি অর্থনীতি ও ব্যাংকিং ব্যবস্থা সহ আধুনিক বানিজ্য ও যুগোপযোগি মাসআলার উপর শরয়ী দৃষ্টিতে পাঠালোচনা ও জাতীর জিজ্ঞাসার জাওয়াব প্রদান করা।
ফতোয়া বিভাগ
মানব জীবনে উদ্ভূত যাবতীয় সমস্যা সমাধানের জন্য একটি গবেষনা মূলক কার্যক্রম । জাতীয় ও আর্ন্তজাতিক পর্যায়ে বিবেচিত আধুনিক ও সম-সাময়িক জটিল সমস্যাবলী সমাধানের লক্ষ্যে দেশ-বিদেশের শীর্ষস্থানীয় মুফতীদের সমন্নয়ে বোর্ড গঠন করতঃ বিভিন্ন সেমিনারের ব্যবস্থা করা ।
তাফসীর বিভাগ
এ বিভাগে বিভিন্ন প্রতিষ্ঠান থেকে দাওরায়ে হাদীস (মাস্টার্স) এ ভাল ফলাফল নিয়ে উত্তীর্ণ ছাত্রদের শর্ত সাপেক্ষে পরীক্ষা-নিরীক্ষার পর কোটা ভিত্তিক ছাত্র ভর্তি করা হয় । দক্ষ শিক্ষক মন্ডলীর সার্বিক তত্বাবধানে কুরআনের সহীহ শুদ্ধ ব্যাখ্যা ও বিশ্লেষণ এবং ফিক্বহী মাসায়েলের মূল উৎস বর্ণনার উপর বিশেষ গুরুত্ব সহকারে পাঠদান করানো হয়। বাংলা,আরবী,ইংরেজী ও উর্দু ভাষার উপর বিশেষ কোর্সের ব্যবস্থা করে যোগ্যতা সম্পন্ন মুফাস্সির তৈরী করানো হয়। কুরআনের মূল তাফসীর গন্থ থেকে দরস ও মুত’য়ালার মাধ্যমে ইলমী ভাবে যোগ্য ও দক্ষ করে তোলা হয় ।
উচ্চতর হাদীস বিভাগ
পবিত্র কালামূল্লাহর পর রাসূল স. এর হাদীসই মুসলমানদের সর্ব বিষয়ে অনুস্বরণের মূল মানদণ্ড। কিন্তু কুরআনের সব আয়াতের মতো সব হাদীস এক পর্যায়ের নয়। রবং এতে রয়েছে বিভিন্ন প্রকার। সহীহ, হাসান, জয়ীফ, মাওজু ইত্যাদি। এগুলো সম্পর্কে পা-িত্ব অর্জণ করে তদানুযায়ী দিকনের্দেশনা দেয়া বর্তমান সময়ের অন্যতম দাবী। বিশেষ করে নাম ধারী আহলে হাদীসদের মোকাবেলায় এর প্রয়োজনীয়তা অপরিসীম। এ দাবী ও প্রয়োজন পূরণের লক্ষ্যে মারকায কর্তৃপক্ষ এতদ সংক্রান্ত কয়েক লক্ষ টাকার কিতাব ক্রয় করে এ বিভাগ চালু করার উদ্যোগ হাতে নিয়েছে। বিজ্ঞ ও পারদর্শী মুহাদ্দিসদের তত্বাবধানে দুবৎসর মেয়াদী এ কোর্সের মাধ্যমে ছাত্রদেরকে পারদর্শী করে গড়ে তোলা হয়।
মিশকাত ও দাওরায়ে হাদীস
দেশের শীর্ষস্থানীয় ওলামাদের পরামর্শ , আর ছাত্রদের বিশেষ অনুরোধে মিশকাত ও দাওরায়ে হাদীস জামাত খোলা হয়েছে। এ জামাত গুলোতে বিশেষ পরীক্ষার পর কিছু সংখ্যক মেধাবী ছাত্র ভর্তি করা হয় এবং তাদের পড়া-শোনার মান উন্নয়নের জন্য কেন্দ্রীয় পরীক্ষাগুলো  মাদ্রাসা শিক্ষা বোর্ডের তত্ত্বাবধানে অনুষ্ঠিত হয় ।
হিফজ্ ও মক্তব বিভাগ
দক্ষ,অভিজ্ঞ মু’য়াল্লিম ও আর্ন্তজাতিক মানের তিলাওয়াতকারী হাফেজ ও ক্বারী সাহেবদের মাধ্যমে এ সব বিভাগে শিক্ষা প্রদান করা হয় । মক্তবের ছাত্রদের তিন বৎসরে পুরো কুরআন শরীফ বিশুদ্ধ রূপে পড়ানোর পাশা-পাশি প্রাইমারী স্কুলের সকল বিষয়ের উপরও পারদর্শী করে গড়ে তোলা হয় ।